El Club Náutico Islas Menores comienza su andadura en 1977, inaugurando sus instalaciones el Capitán General de la Zona Marítima del Mediterráneo, Almirante Excmo. Sr. D. Francisco J. De Elizalde I Laimez. El club nace como iniciativa de sus primeros cien socios quienes constituyen con un aportación de cada uno de ellos de 25.000 pesetas. Con este capital se inicia la construcción de las instalaciones portuarias y del edificio principal que ocupa unos 1.200 m2 de los 4.000 disponibles. ​ Desde su comienzo fue concebido como un centro de deportes náuticos, contando desde el inicio de sus actividades, con escuelas deportivas que han ido respondiendo a las distintas tendencias y evoluciones de todos los deportes náuticos. Destacado por ser uno de los clubes con más actividad en regatas, se han organizado siete Campeonatos de España, tres Copas de España; fue uno de los clubes que acogieron la primera edición del Trofeo SAR Infanta Cristina organizando dos, en el año 1990 y 2002.